Inicialmente el tribunal fue creado para frenar la heterodoxia entre los bautizados: las causas más frecuentes eran las de falsos conversos del judaísmo y mahometismo; pronto se añadió el luteranismo con focos en Sevilla y Valladolid; y el alumbradismo, movimiento pseudo-místico. También se consideraban delitos contra la fe, la blasfemia, en la medida que podía reflejar la heterodoxia, y la brujería, como subproducto de religiosidad.

.

Además, se perseguían delitos de carácter moral como la bigamia. Con el tiempo se introdujo el delito de resistencia al Santo Oficio, que trataba de garantizar el trabajo del tribunal.

La pena de muerte en hoguera se aplicaba a hereje contumaz no arrepentido. El resto de los delitos se pagaban con excomunión, confiscación de bienes, multas, cárcel, oraciones y limosnas penitenciales. Las sentencias eran leídas y ejecutadas en público en los denominados autos de fe, instrumento inquisitorial para el control religioso de la población.

Desde el siglo XIII, la Iglesia admitió el uso de la tortura para conseguir la confesión y arrepentimiento de los reos. No hay que olvidar que el tormento era utilizado también en los tribunales civiles; en el de la Inquisición se le dio otra finalidad: el acusado confeso arrepentido tras la tortura se libraba de la muerte, algo que no ocurría en la justicia civil. Las torturas eran terribles sufrimientos físicos que no llegaban a mutilar o matar al acusado.

Una figura inevitable en la polémica sobre la Inquisición es Torquemada. ¿Es tan fiero el león como lo pintan? ¿Qué hubo en los juicios contra Carranza y Antonio Pérez?

Fray Tomás de Torquemada fue Inquisidor General entre 1485 y 1496. Gozó de la confianza de los Reyes Católicos. Lo cierto es que no existe todavía una biografía definitiva sobre este importante personaje. Desde luego sentía animadversión hacia los judíos e influyó decisivamente en el decreto de expulsión de 1492, sin embargo no era sanguinario, como cierta leyenda injustificada pretende hacernos creer, aunque sí es obvio que presidió el tribunal en años de intensa actividad . No obstante, redactó una serie de normas y leyes para garantizar el buen funcionamientos del tribunal y evitar abusos.

Carranza era arzobispo de Toledo y Primado de España. Fue acusado injustamente de luteranismo y condenado a la pena capital por la inquisición española; por tratarse de un prelado, la causa se inició con el permiso de Roma y fue revisada por el Papa que no vio motivos proporcionados para tal veredicto. Aunque éste no llegó a aplicarse, Felipe II destituyó a Carranza para subrayar la autonomía del tribunal español respecto a la Santa Sede. Antonio Pérez era secretario del rey y fue acusado de asesinato; como consiguió huir de la justicia de Castilla, la Inquisición le imputó de ciertos cargos para poder detenerlo. El reo salió de España y dio a conocer su caso en las cortes de Francia e Inglaterra. Es un claro ejemplo de utilización política del tribunal por parte del rey, que supo airear oportunamente su antiguo secretario. Por otra parte, los casos de Carranza y Pérez ponen de relieve algo característico del Tribunal de la Inquisición: su poder no hacía distinciones a la hora de acusar a prelados, cortesanos , nobles o ministros; fue, en ese sentido, un tribunal democrático con una jurisdicción sólo inferior a la del Papa.