Juan Pablo II pidió a la Comisión Histórico-teológica del Comité para el Gran Jubileo del año 2000 la celebración de un congreso sobre la Inquisición. Se invitaron historiadores universalmente reconocidos, procedentes de diferentes confesiones religiosas, tal como lo pidió el Santo Padre. El historiador Agostino Borromeo, experto en la Inquisición, fue el coordinador. Para facilitar la investigación, el Papa mandó, en 1998, que se abriesen los archivos secretos de la Congregación para la Doctrina de la Fe (antiguo Santo Oficio).

La Iglesia ha hecho todo lo posible para que la investigación fuese abierta a toda la verdad. El congreso sobre la Inquisición fue parte de la preparación para la Jornada del Perdón del año santo. El 12 de marzo del 2000 el Papa pidió perdón por los errores cometidos en el servicio a la verdad recurriendo a métodos no evangélicos.
"La Iglesia busca la verdad histórica para pedir perdón por los pecados de sus hijos". -Juan Pablo II, 15 de Junio, 2004, al presentarse las «Actas del Simposio Internacional "La Inquisición"»

El trabajo de la comisión continuó mas allá del año 2000 y después de un trabajo intenso, las actas del congreso, llamado Simposio Internacional "la Inquisición", se publicaron en el 2004. Constituyen un libro de 783 páginas con las intervenciones pronunciadas en el congreso.

Algunos de los datos contenidos en las Actas del Simposio
ilustrados por el historiador Agostino Borromeo en el acto de presentación:

"El Papa Gregorio IX (1227-1241) fue el primero en instituir comisarios (inquisitores), «delegados de la Sede Apostólica con la tarea de combatir la herejía en determinadas regiones». Con el tiempo, el papado creó una organización estable hasta que se abolió el último tribunal de estas características, el español, en 1834".

La Inquisición en España es el tribunal más conocido. Celebró entre los años 1540 y 1700, 44.674 juicios. Los acusados condenados a muerte fueron del 1,8% y de ellos el 1,7% fueron condenados en «contumacia», es decir, no pudieron ser ajusticiados por estar en paradero desconocido y en su lugar se quemaba o ahorcaba a muñecos. (Esto resulta en aproximadamente 0,1% que de hecho murieron ajusticiados = 45 personas en 160 años).

Por lo que se refiere a las famosas «cacerías de brujas», el historiador constató que los tribunales eclesiásticos fueron mucho más indulgentes que los civiles. De los 125.000 procesos de su historia, la Inquisición española condenó a la muerte a 59 «brujas». En Italia, añadió fueron 36 y en Portugal 4.

«Si sumamos estos datos no se llega ni siquiera a un centenar de casos, contra las 50.000 personas condenadas a la hoguera, en su mayoría por los tribunales civiles, en un total de unos cien mil procesos (civiles y eclesiásticos) celebrados en toda Europa durante la edad moderna».

Proporcionalmente, las matanzas de brujas más numerosas tuvieron lugar en Suiza (se quemaron a 4.000 en una población aproximada de un millón de habitantes); Polonia-Lituania (unas 10.000 en una población de 3.400.000); Alemania (25.000 en una población de 16.000.000) y Dinamarca-Noruega (unas 1.350 en una población de 970.000).

Con el término Inquisición, explicó Borromeo, se designa al conjunto de tribunales eclesiásticos que por expresa delegación papal tenía jurisdicción para juzgar el delito de herejía.

Los primeros comisarios («inquisitores») fueron creados por el Papa Gregorio IX (1227-1241) con el objetivo de combatir herejías en determinadas regiones.

«Progresivamente, con el pasar el tiempo, el papado dotó a esta institución de una organización propia, de una propia burocracia y de normas propias (especialmente para los procesos) que dieron un rostro específico a la Inquisición».

«Particularmente activa en los siglos XIII y XIV para combatir los movimientos heréticos medievales (sobre todo los cátaros y los valdenses), la Inquisición experimentará un descenso en su actividad en el siglo XV».

«Pero experimentará una reanudación en los siglos XVI y XVII con la fundación de los nuevos tribunales de la península ibérica --cuya acción se orientó principalmente contra los pseudo-convertidos del judaísmo y del islam) y con la creación del Santo Oficio romano, concebido en un primer momento como instrumento de lucha contra la difusión del protestantismo».

«Los tribunales fueron suprimidos entre la segunda mitad del siglo XVIII y en las primeras décadas del siglo XIX». «El último tribunal que desapareció fue el español, abolido en 1834».

Conocer la Verdad para pedir perdón por los pecados.

Juan Pablo II envió un mensaje con motivo de la presentación de las «Actas» del Simposio Internacional sobre la Inquisición:
-«Es justo que la Iglesia asuma con una conciencia más viva el pecado de sus hijos recordando todas las circunstancias en las que, a lo largo de la historia, se han alejado del espíritu de Cristo y de su Evangelio. En vez del testimonio de una vida inspirada en los valores de la fe, los cristianos en ocasiones han ofrecido el espectáculo de modos de pensar y actuar que eran verdaderas formas de anti-testimonio y de escándalo».

Juan Pablo II añadió -«antes de pedir perdón es necesario conocer exactamente los hechos y reconocer las carencias ante las exigencias evangélicas en los casos en que sea así».

El papa recordó también las palabras del Concilio Vat II: «La verdad sólo se impone por la fuerza de la misma verdad, que penetra suave y fuertemente en las almas» -Dignitatis humanae (n.1).

El cardenal Cottier explicó que este estudio histórico sirve para que los teólogos puedan tener elementos de respuesta a preguntas como «¿Qué significa la paradoja: la Iglesia santa comprende en su seno a los pecadores?, ¿Cuál es el sentido del testimonio evangélico como dimensión de la existencia cristiana y de los comportamientos antitéticos de anti-testimonio y de escándalo?». «Es obvio que una petición de perdón sólo puede afectar a hechos verdaderos y reconocidos objetivamente. No se pide perdón por algunas imágenes difundidas a la opinión pública, que forman parte más del mito que de la realidad».