En España hubo pocos casos de brujería en comparación al resto de Europa. Fue un fenómeno más destacado entre la población bautizada de los territorios americanos, por el apego a sus ritos y tradiciones seculares. En la Península fueron desgraciadamente famosas las brujas de Zugarramurdi (Navarra) condenadas en 1610.

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Desde entonces se tuvo en cuenta la acertada observación de un inquisidor, para quien cuanto menos se hablara de ellas, menos casos habría; la Inquisición prefirió considerarlas personas alucinadas o enfermas.

Otra cuestión espinosa que suscita la Inquisición es el número de víctimas ¿es posible saber cuántas fueron?

La Inquisición tuvo una larga vida en España: se instauró en 1242 y no fue abolida formalmente hasta 1834 durante la regencia de María Cristina. Sin embargo, su actuación más intensa se registra entre 1478 y 1700, es decir, durante el gobierno de los Reyes Católicos y los Austrias. En cierto sentido no se puede calcular el número de personas afectadas por la Inquisición: la migración forzosa de millares de judíos y moriscos; la deshonra familiar que comportaba una acusación del tribunal durante varias generaciones; la obsesión colectiva por la limpieza de sangre, lo hacen imposible.

Respecto al número de ajusticiados no hay datos definitivos porque hasta ahora no se han podido estudiar todas las causas conservadas en archivos. Aunque parciales, son más próximos a la realidad los estudios realizados por los profesores Heningsen y Contreras sobre 50.000 causas abiertas entre 1540 y 1700: concluyen que fueron quemadas 1.346 personas, el 1,9% de los juzgados. Es posible, aunque la cifra no sea definitiva, que los ajusticiados a lo largo de la historia del tribunal fueran unos 5.000. Afortunadamente, el cristianismo, a diferencia de las ideologías, tiene siempre una doctrina buena, cierta y definitiva que le permite rectificar los errores prácticos en los que pueden incurrir algunos de sus miembros: el Evangelio.