Juan Pablo II pidió a la Comisión Histórico-teológica del Comité para el Gran Jubileo del año 2000 la celebración de un congreso sobre la Inquisición. Se invitaron historiadores universalmente reconocidos, procedentes de diferentes confesiones religiosas, tal como lo pidió el Santo Padre. El historiador Agostino Borromeo, experto en la Inquisición, fue el coordinador. Para facilitar la investigación, el Papa mandó, en 1998, que se abriesen los archivos secretos de la Congregación para la Doctrina de la Fe (antiguo Santo Oficio).

Inicialmente el tribunal fue creado para frenar la heterodoxia entre los bautizados: las causas más frecuentes eran las de falsos conversos del judaísmo y mahometismo; pronto se añadió el luteranismo con focos en Sevilla y Valladolid; y el alumbradismo, movimiento pseudo-místico. También se consideraban delitos contra la fe, la blasfemia, en la medida que podía reflejar la heterodoxia, y la brujería, como subproducto de religiosidad.

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Además, se perseguían delitos de carácter moral como la bigamia. Con el tiempo se introdujo el delito de resistencia al Santo Oficio, que trataba de garantizar el trabajo del tribunal.

En España hubo pocos casos de brujería en comparación al resto de Europa. Fue un fenómeno más destacado entre la población bautizada de los territorios americanos, por el apego a sus ritos y tradiciones seculares. En la Península fueron desgraciadamente famosas las brujas de Zugarramurdi (Navarra) condenadas en 1610.

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Desde entonces se tuvo en cuenta la acertada observación de un inquisidor, para quien cuanto menos se hablara de ellas, menos casos habría; la Inquisición prefirió considerarlas personas alucinadas o enfermas.